Banyak faktor yang dapat menghambat produksi hasil tanaman kedelai.Selain faktor alam atau kondisi lingkungan tumbuh, kondisi fisik tanah, faktor biotik (penggunaan varietas yang sesuai), pengendalian hama, penyakit, dan gulma kedelai, faktor pemeliharaan/perawatan sampai pada penanganan panen dan paska panen kedelai.
Diantara faktor-faktor tersebut, pengendalian hama, penyakit, dan gulma pada tanaman kedelai termasuk salah satu penyebab menurunnya hasil produksi kedelai. Penyakit-penyakit utama penyerang tanaman kedelai sebagai berikut:
Hama Utama Kedelai
Salah satu jenis hama yang paling ganas menyerang tanaman kedelai di daerah tropika adalah hama seranga daun yang bersifat polipage. Keberadaan hama serangga daun mampu menyerang beberapa jenis tanaman sekaligus, sehingga jumlah hama ini selalu ada di sepanjang tahun.
Penyakit Utama Kedelai
Ada dua penyakit utama yang sering kali dijumpai pada tanaman kedelai, yaitu karat duan dan virus. Tanaman kedelai yang diserang oleh dua penyakit ini tergolong sangat fatal, sebab bisa menyebabkan penurunan hasil produksi kedelai mencapai 30-60 %.
Upaya pengendalian dapat dilakukan dengan menggunakan fungsida dan penanam varietas unggul yang toleran seperti Merbabu, Kerinci, dan Depo. Untuk pencegahan penyakit virus dapat dilakukan antara lain dengan melakukan rotasi tanam, pembakaran inang, memberantas serangga vektor, penggunaan bibit sehat, dan pembuangan tanaman sakit.
Gulma Utama Kedelai
Jenis gulma yang sering menyerang tanaman kedelai antara lain Amaranthus, Cyperus, Imperata Cylindrica (sejenis alang-alang), Paspalum, Digitaria, dan Tuton. Setiap tanaman kedelai yang diserang oleh gulma-gulma ini bisa menyebabkan penurunan hasil biji berkisar antara 20-80%.
Untuk mencegah gulma pada tanaman kedelai, petani dapat melakukannya dengan melakukan penyiangan lahan. Penanganan hama juga dapat dilakukan dengan penggunaan mulsa jerami (Aceh: jumpueng pade). Mulsa jerami padi bisa menekan pertumbuhan gulma sampai 55 - 65%.
Faktor lain yang menjadi penghambat jumlah produksi kedelai di Indonesia, karena jumlah penanamanya yang masih sangat terbatas, apakah budidaya kedelai tropika maupun budidaya kedelai subtropis yang hasilnya lebih baik.
